为了清除空气能热水器中的水垢，延长使用寿命，通常采用化学药剂对整个空气能的热交换系统进行清洗，这种方法效果好，但是也有一些不可忽视的缺点：
■化学清洗不可避免地产生污水排放；
■经常性的化学清洗给空气能热水器的零部件造成一定程度的腐蚀；
■化学清洗过后，还需重新形成水垢。
2）物理方法
目前很多空气能热水器都采用了磁处理和电磁处理方式来预防和清理空气能热交换器中的水垢，无论是磁处理或者电磁处理水的方法，都会受到一些使用方面的限制，这些使用限制主要体现在对水质的要求比较严格。
使用磁处理或电磁处理水的方式对水质的要求为：
■处理碳酸钙为主的水，对于其它水垢没有效果；
■水的加热温度不能超过95℃；
■碳酸硬度不能超过9 mEq/L；
■溶解氧的含量不能超过3mg/L，氯盐和硫酸盐的总量不能超过50mg/L；
■二价铁的含量不能超过0.3mg/L。
但实际上空气能热水器中的水质往往不能达到上面的要求，因此，磁处理或电磁处理水的方式往往达不到理想的预防和清理水垢的效果。
