一般我们所知水垢形成的主要原因是冷却水中的钙、镁离子在受热时以盐的形式结晶析出并凝结在铜管内壁，以及系统管路的金属氧化产物，菌藻滋生的黏泥等。
电子除垢仪利用电子元器件产生的高频交变电磁场，让水在经过冷凝器时，物理性能发生改变——原来缔合链状大分子断裂成单个水分子，水分子的偶极矩增大，带有极性的单个水分子包围在水中溶解盐的正负离子周围，使盐离子运动速度降低，静电引力下降，碰撞结合的机会大大减少，无法形成水垢，达到防垢的目的。
极性水分子的偶极矩增大，与盐正负离子的吸引力增大，从而使受热面或管壁原有的水垢变得松软，皲裂，在水中力的作用下，以致自行脱落，从而达到除垢的目的。同时水中微电流破坏微生物的生存环境，另外在水中形成的活性氧自由基能氧化微生物的细胞膜，破坏微生物的歧化酶，从而杀灭水中的微生物，达到杀菌灭藻的目的。
